Die Europäische Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) verpflichtet die Mitgliedsstaaten, die Gewässer bis spätestens 2027 in einen guten ökologischen Zustand zu bringen. Bei der Beurteilung des guten ökologischen Zustandes werden verschiedene Faktoren wie die Durchgängigkeit für Fische, der chemische und biologische Gewässergüte (hierzu gehören die Wasserpflanzen und die Kleinlebewesen) und die Gewässerstruktur bewertet. Die Hagener Au ist ein an die EU meldepflichtiges Gewässer nach WRRL. Aufgrund ihres noch in weiten Teilen naturnahen Zustandes war sie auch schon vor Einführung der WRRL ein sogenanntes Vorranggewässer des Landes. Trotzdem hat sie in ihrem Verlauf vom Passader See bis zur Mündung noch Defizite, die die Einstufung als Gewässer in einen guten ökologischen Zustand verhindert. Dies sind im Wesentlichen 2 Wehranlagen (Lutterbek und Probsteierhagen (keine Durchgängigkeit), zum Teil fehlende Uferrandstreifen (Gefahr von Einträgen in das Gewässer)  und zum Teil schlechte Gewässerstruktur (fehlender Lebensraum, Sauerstoffdefizite).

Für die Hagener Au sind verschiedene Maßnahmen festgelegt worden, die die Zielerreichung ermöglichen sollen. Im Bereich der Gemeinde Probsteierhagen sind das z.B. Uferrandstreifen, strukturverbessernde Maßnahmen (z.B. Einbau von Totholz und Strömungslenker) und die Herstellung der Durchgängigkeit am Wehr.

Für den Umbau des Wehres in Probsteierhagen wird zurzeit untersucht, ob es möglich ist, das Wehr ganz zu entfernen und durch eine langgezogene (etwa 300 m lange) Sohlgleite zu ersetzen. Der Vorteil wäre bei dieser naturnahen Lösung die vollständige Herstellung der Durchgängigkeit für alle Gewässerbewohner. Es gibt hier aber auch viele Unwägbarkeiten, wie z.B. die Gründung der direkt angrenzenden Gebäude, die Absenkung des Grundwasserstandes in dem Bereich und somit auch mögliche Auswirkungen auf gewässernahe Feuchtgebiete. Um die Auswirkungen dieser Maßnahme zu ermitteln, sollen noch Grundwassermessstellen gesetzt und die Gründung der Gebäude ermittelt werden sowie der Wasserstand in der Au über einen Messpegel erfasst werden. Sollte dabei herauskommen, dass es zu einer Beeinträchtigung der Gebäude kommen würde, soll als Alternative ein technischer Fischpass geplant und gebaut werden, bei dem der Wasserstand der Au (und damit auch der Grundwasserstand) im Bereich des jetzigen Wehres so bestehen bleibt wie bisher. Der Nachteil dieser Lösung ist, dass es eben ein technisches Bauwerk und kein natürliches Gerinne ist und dass nicht unbedingt gewährleistet ist, dass das Bauwerk (je nach Ausführung) für alle Gewässerlebewesen passierbar ist. Für Fische sind solche technischen Wanderhilfen kein Problem und sie werden ganz gut angenommen. Der Gewässerunterhaltungsverband Selenter See hat bereits die betroffenen Grundstückseigentümer und die Gemeinde angeschrieben und um Zustimmung gebeten, die erforderlichen Messstellen setzen und Bodenschürfe für die Untersuchungen durchführen zu dürfen. Die Gemeinde hat bereits für ihre Grundstücke die Zustimmung erteilt.